NTU byla založena v roce 1928 jako Taihoku Imperial University v době nadvlády Japonska. Proto je také spousta budov v areálu v japonském imperiálním stylu. V roce 1945, kdy se Tchajwan vrátil Číně byla škola přejmenována na současnou National Taiwan University. Dnes je nejprestižnější v zemi a má 54 oddělení a 33 tisíc studentů.